Waterschap Zuiderzeeland beheert het water in de polders van Oostelijk en Zuidelijk Flevoland en de Noordoostpolder. Ook de Blokzijler Buitenlanden (gemeente Steenwijkerland, provincie Overijssel) en de woonwijk Lemstervaart (in de gemeente Lemsterland, provincie Friesland) horen bij het beheersgebied.
Flevoland is ontstaan uit de strijd om het water. Het is nieuw land op de bodem van de voormalige Zuiderzee. Heemraadschap Fleverwaard en het kwantiteitswaterschap Noordoostpolder gingen in 1986 van start. Het waterkwaliteitsbeheer in de Noordoostpolder werd door het toenmalige Zuiveringsschap West-Overijssel uitgevoerd. Op 3 januari 2000 ging Waterschap Zuiderzeeland officieel van start; ontstaan uit een fusie tussen Waterschap Noordoostpolder, Heemraadschap Fleverwaard en een deel van Waterschap Groot Salland.
Waterschap Zuiderzeeland ontwikkelt op diverse gebieden beleid. Dit beleid vloeit vaak voort uit nationale wetgeving, maar het waterschap stelt ook zelf regelgeving vast, geeft vergunningen af en ziet toe op de naleving van regels.